Марқакөл мемлекеттік табиғи қорығы Шығыс Қазақстан облысында, Оңтүстік Алтайдың шығысында Марқакөл қазаншұңқырында орналасқан. Ол солтүстігінде Күршім, оңтүстігінде Азутау жоталарының арасында орналасқан Алтайға тән тектоникалық ойпатты алып жатыр. Көл 1 449,3 метрлік абсолюттік биіктікте жатыр. Ең биік нүктесі — 3304,5 метр (Ақсу-Бас тауы).

Марқакөл көлін осы аймақтың інжу-маржаны деп атауға болады. Сарқырамада орналасқан ол оңтүстігінде Күшім тауымен, солтүстігінде Азутау тауымен шектеледі. Көлдің ұзындығы 38км, ені 19 км және тереңдігі 27м. Оған 27 өзен құяды, тек Қалжыр өзені ғана көлден ағып шығады. Марқакөл суы мұнтаздай таза және жұмсақ болғанымен балыққа бай. Марқакөл көлі Қазақстандағы осы балық түрлерінің отаны деуге әбден болады. Жартасты тауларда негізінен жапырақты және шыршалы ағаштар өседі. Көркем жартасты таулардың көп бөлігі май қарағай орманына толы. Биік таулардың баурайы медициналық дәрулік қасиеті бар шөпке бай (алтын және марал түбірі, бергиния, т.б.). Фаунасы түрлі және мол. Ағаштар арасынан қоңыр аюларды, бұғыларды, түлкілерді, жабайы мысықтарды, маралдарды, құндыздарды, бүркітті, сирек кездесетін қызыл қасқыр, қара ләйлектерді, сұрғылт шағалаларды және басқаларын көруге болады.